中国科学院北京基因组研究所蛋白质研发中心(BGI-CPR, Center of Proteomics Research, Beijing
Genomics Institute, Chinese Academy of Sciences)建立于2001年。该中心以大型蛋白质分析为工作平台，
以解析基因组的生物功能为学术方向，以解决与我国国计民生密切相关的生物学问题为研究课题，以发展中国
蛋白质组学，立足国际学术之林为己任，已经建立了五个以技术为导向的平台：
重组蛋白质实验室、蛋白质分离实验室、生物质谱实验室、细胞生物学实验室、蛋白质信息分析平台.
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公司自成立以来，一直承担着国家的大型蛋白质组研究项目，包括863计划、973计划、科技部重大项
目、北京市科委项目、中科院创新基金和国家自然科学基金等。
在现阶段，BGI-CPR有四个主要研究方向：正常人肝脏蛋白质表达谱的研究、中国常见肿瘤的生物标记
物的研究、超级杂交水稻主要组织蛋白质组研究和极端微生物在高温和极碱条件下的蛋白质组分析。
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重组蛋白质实验室
从事大规模多系统的重组蛋白质的表达和纯化，拥有细菌、酵母、昆虫和哺乳细胞等各种表达系统和Akata蛋白纯化设备.尤为重要的是，我们还拥有两套大规模克隆系统，Invitrogen的 Gateway系统，和 BD Clontech 的Lox-P系统。这两套系统在很大程度上避免了传统克隆系统中限制性酶内切和连接等限速步骤，极大地推动了表达载体的构建和表达系统的转化。按照一个保守的估计，我们预计可以平均每月克隆和表达15个全长的且可溶的重组蛋白质。我们已建立了多克隆抗体生产的实验室和动物室，并且已生产了第一批可用于肿瘤标记物研究的高滴度抗体，例如：SM22、profilin、galectin 1 和hnRNP A2/B1。单克隆生产实验室正在筹建中，可望今年末投产。
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蛋白质分离实验室
从事大规模高通量的蛋白质分离和分析实验，拥有完整的双向电泳系统、高效液相（含有毛细管液相）色谱系统和高分辨率的图像分析系统.我们拥有两套互补平行的蛋白质分离系统。一套是以电泳为基础的分离系统，尤以双向电泳为核心技术。我们成功地应用该系统在水稻、微生物、蛇毒和肿瘤组织及细胞的蛋白质组分析中。我们也研究了一套制备和高效分离分泌蛋白的方法。将从肺癌M-BE细胞中分泌的蛋白质浓缩后，可从双向电泳中分离得到约1000个蛋白质。另一系统则以液相色谱为主，我们拥有两套可用于微柱或毛细管柱的HPLC系统，同时还有一套中压的FPLC可用于大量样本的制备。应用液相色谱于蛋白质组分析是本实验室的一项常用技术，我们在嗜热菌和蛇毒的蛋白质组分析中广泛地采用这项技术。同时，我们也成功地利用该技术分离了肺癌M-BE细胞的分泌蛋白质。
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生物质谱实验室
我们采用质谱来鉴定通过电泳分离和液相色谱分离的蛋白质。目前，拥有五台质谱仪，其中两台 MALDI-TOF 、两台 LC-MS/MS 和一台 UltraFlex II TOF/TOF。这些质谱仪基本能够胜任蛋白质组分析工作，包括蛋白质的鉴定和若干肽段氨基酸序列的测定。
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细胞生物学实验室
从事原代细胞和细胞系的培养、药物处理、细胞动力学以及细胞形态学的实验，拥有超净的细胞培养工作室和荧光显微镜图像分析系统.
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蛋白质信息分析平台
中国科学院北京基因组研究所具有较为强大的生物信息学团队，除此而外，为了针对性地处理本中心每天产生的大量蛋白质分析数据，我们还建立一个蛋白质生物信息分析的小组。该小组能够保证蛋白质组分析数据的处理自动化，高效率地整合各个蛋白质技术平台的数据，建立不同目的蛋白质组数据库，和蛋白质功能的分析以及预测。例如，在我们所测定的分泌蛋白质中，生物信息分析小组能够为这些蛋白质的信号肽和分泌的通路作出理论上的判断。
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